Pengakuan bahwa pesantren adalah sebuah subkultur sebelumnya belum merata dimiliki oleh kalangan pesantren sendiri. Penggunaan istilah ini bagi lembaga masyarakat harus senantiasa diingat, bahwa penggunaan istilah itu sendiri masih usaha pengenalan identitas kulturil yang dilakukan dari luar kalangan pesantren, bukan dari kalangan pesantren itu sendiri. Pendekatan ilmiah terbaik untuk mengenal hakekat sebuah lembaga kemasyarakatan adalah pendekatan naratif. Terlepas dari kenyataan adanya perwatakan subkulturil dalam diri pesantren jika ditinjau dari luar, sikap berhati-hati meski diutamakan dalam mempergunakannya. Penggunaan istilah itu bagi pesantren, jika dilakukan dengan hati-hati akan menghasilkan anggapan yang tidak akan jauh menyimpang dari hasil suatu penelitian empiris yang dilakukan secara seksama dan mendalam.

Terdapat kesulitan besar untuk melakukan identifikasi terhadap pesantren secara keseluruhan sebagai sebuah unut subkulturil. Tidak semua aspek kehidupan dalam pesantren berwatak subkulturil, bahkan aspek utamanya ada yang bertentangan dengan batasan yang biasa diberikan kepada sebuah subkultur. Dilain pihak, beberapa aspek utama dari kehidupan pesantren yang dianggap memiliki watak subkulturil, ternyata hanya tinggal ada dalam rangka ideal belaka dan tidak didapati dalam kenyataan. Karena itu hanya kriteria paling minim belaka yang dapat dikenakan pada kehidupan pesantren, untuk dapat menganggapnya sebagai subkultur. Kriteria minimal itu, jika dikembalikan pada pokok dasarnya, hanyalah akan meliputi aspek-aspek berikut: