Pengakuan bahwa pesantren adalah sebuah subkultur sebelumnya belum merata dimiliki oleh kalangan pesantren sendiri. Penggunaan istilah ini bagi lembaga masyarakat harus senantiasa diingat, bahwa penggunaan istilah itu sendiri masih usaha pengenalan identitas kulturil yang dilakukan dari luar kalangan pesantren, bukan dari kalangan pesantren itu sendiri. Pendekatan ilmiah terbaik untuk mengenal hakekat sebuah lembaga kemasyarakatan adalah pendekatan naratif. Terlepas dari kenyataan adanya perwatakan subkulturil dalam diri pesantren jika ditinjau dari luar, sikap berhati-hati meski diutamakan dalam mempergunakannya. Penggunaan istilah itu bagi pesantren, jika dilakukan dengan hati-hati akan menghasilkan anggapan yang tidak akan jauh menyimpang dari hasil suatu penelitian empiris yang dilakukan secara seksama dan mendalam.